Þeir sem ekki hafa átt viðskipti áður við FMÍS þurfa fyrst að stofna reikning hjá Reiknistofu fiskmarkaða og gera grein fyrir bankaábyrgð. Síðan þarf að setja upp hugbúnað Reiknistofunnar á tölvu kaupandans. Að auki þarf kaupandinn að semja við flutningsaðila um flutning á fiskinum frá starfsstöð FMÍS og tilkynna hver flutningsaðilinn er.